一人で、複数のエントリーは可能ですか？

お一人様、１エントリーとします。
例えば、１つめのエントリーでソロ演奏。２つめのエントリーでアンサンブルというのも不可です。

YouTubeの再生回数や「グッド！」の数は審査に影響しますか？

影響しません。
一般投票と審査員の審査票の合計により順位が決定します。

伴奏パートを予め篠笛で録音し、それを流しながらメインパートの録画も可能ですか？

問題ありません。
メインのメロディを実際に演奏していることが分かるように、運指を画角の中に入れて撮影してください。

エントリー後から9/20の一般公開の間に一般ユーザに動画を閲覧されない方法はありますか？

YouTubeの公開設定を「限定公開」にしてください。
「限定公開」により、動画のURLを知っている人しか閲覧することができません。検索にもヒットしません。
設定方法がご不明の場合はYouTubeのヘルプをご参照ください。

エントリー後に動画を変更してもよいですか？

エントリー期間内(9月16日23：59まで)でしたら、1度だけ変更可能です。
動画を変更した際は最新のURLを必ず事務局まで、メールにてご連絡ください。